Em um dia frio de dezembro, Kyon chega à escola preparado para mais um passeio com seus colegas da Brigada SOS. No entanto, para sua surpresa, ele descobre que quase tudo mudou completamente: Haruhi Suzumiya e Itsuki Koizumi não estão em lugar algum; Mikuru Asahina não o reconhece; Yuki Nagato é uma humana normal; e Ryouko Asakura voltou misteriosamente. Embora não seja estranho ao sobrenatural, Kyon fica perturbado com essa estranha mudança de eventos e decide investigar por conta própria.
Descobrindo que ele é a única pessoa que está ciente da realidade anterior, Kyon agora se depara com uma escolha difícil: finalmente viver a vida normal que sempre quis ou descobrir uma maneira de voltar os ponteiros do tempo e restaurar seu mundo caótico, porém familiar.
[Escrito por MAL Rewrite]