Após um ano na América, Kurisu Makise retorna a Akihabara e se reencontra com Rintarou Okabe. Entretanto, sua reunião é encurtada quando Okabe começa a experimentar flashes recorrentes de outras linhas de tempo à medida que as conseqüências de sua viagem no tempo começam a se manifestar. Estes efeitos colaterais eventualmente culminam no desaparecimento repentino de Okabe do mundo, e somente o assustado Kurisu tem alguma memória de sua existência.
Em meio ao desespero, Kurisu se depara com uma escolha verdadeiramente árdua que testará tanto seu dever como cientista quanto sua lealdade como amigo: siga os conselhos de Okabe's e fique longe de viajar no tempo para evitar as conseqüências potenciais que pode ter sobre as linhas do mundo, ou ignore-a para resgatar a pessoa que ela mais preza. Independentemente de sua decisão, o caminho que ela escolhe é aquele que afetará o passado, o presente e o futuro.
[Escrito por MAL Rewrite]