Depois que a Terra foi destruída por misteriosas formas de vida alienígenas conhecidas como Gauna, os remanescentes da raça humana que sobreviveram escaparam para o espaço na enorme nave de geração Sidonia. Tendo vagado pelo espaço por milênios, a Sidonia se viu novamente sob ataque dos Gauna pela primeira vez em um século.
Mais uma vez enfrentando a ameaça de extinção, uma vitória temporária contra os Gauna foi obtida graças ao híbrido humano-Gauna Tsumugi Shiraui e ao piloto de mech Guardian Nagate Tanikaze.
10 anos depois… O povo de Sidônia desfruta de um breve descanso. Passam-se dias tranquilos, durante os quais Tsumugi começa a perceber seus sentimentos por Nagate, que agora é celebrado como um herói de Sidônia. No entanto, como o capitão Kobayashi sempre soube, enquanto os Gauna permanecerem, a paz não poderá durar.
A decisão está tomada: uma batalha final, sobre a qual repousa o destino dos últimos sobreviventes da humanidade. À medida que o fim se aproxima, será que a tripulação conseguirá proteger aqueles que ama?
(Fonte: Polygon Pictures)
