Dez anos se passaram desde o fim do Bakumatsu, uma era de guerra que viu a revolta dos cidadãos contra o shogunato Tokugawa. Os revolucionários queriam criar um tempo de paz e um país próspero e livre de opressão. A nova era de Meiji chegou, mas a paz ainda não foi alcançada. As espadas foram proibidas, mas as pessoas ainda são assassinadas nas ruas. Os órfãos dos veteranos de guerra não têm para onde ir, enquanto o governo parece satisfeito em encher seus bolsos de dinheiro.
Um samurai errante, Kenshin Himura, ainda trabalha para garantir que os valores pelos quais ele lutou valham as vidas gastas para trazer a nova era. Antes conhecido como Hitokiri Battousai, ele era temido como o assassino mais implacável de todos os revolucionários. Agora, assombrado pela culpa, Kenshin jurou nunca mais matar em expiação pelas vidas que tirou, e talvez ele nunca conheça a paz até que matar seja uma coisa do passado.
Agora, no 11º ano de Meiji, Kenshin se depara com Kaoru Kamiya, proprietária e instrutora-chefe de um pequeno dojo que está sendo ameaçado de fechar as portas. A força policial é impotente para impedir a série de assassinatos cometidos em nome de seu dojo por um homem que afirma ser o famoso Battousai. As andanças de Kenshin param por enquanto, enquanto ele se junta a Kaoru para limpar o nome de ambos. Mas quanto tempo ele pode ficar antes que seu passado o alcance?
[Escrito por MAL Rewrite]