Um ano e meio depois dos eventos da primeira temporada, Akane Tsunemori continua seu trabalho como inspetora, aplicando os julgamentos do Sibyl System. Juntando-se a ela, estão os novos executores e a inspetora júnior Mika Shimotsuki, uma jovem totalmente leal à Sibyl. Enquanto Akane pondera sobre a natureza de seu trabalho e a legitimidade dos vereditos da Sibyl, surge uma nova e perturbadora ameaça. Uma figura misteriosa descobriu uma maneira de controlar o Coeficiente do Crime, um número compilado a partir de varreduras mentais que permitem que a Sibyl avalie a saúde psicológica e identifique criminosos potenciais. Dessa forma, ele é capaz de assassinar um executor, deixando para trás uma pista enigmática: “WC?” rabiscado de sangue na parede. Akane e o resto da Divisão 1 logo se vêem em um jogo mortal contra seu novo inimigo, enfrentando cara a cara uma conspiração que ameaça não apenas a autoridade do Sibyl System, mas a própria base das convicções de Akane.
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