Muito pouco muda na rotina diária de Kenji Seki. Todas as manhãs, ele leva seu cachorro à praia na esperança de ver sua colega de classe, Kahori Harukawa, enquanto ela surfa. Depois, ele se encontra com sua vizinha e amiga de infância, Natsuki Suzuura, e caminham até a escola. Em essência, ele vive uma vida idílica em que a única coisa com que tem de se preocupar é como finalmente confessar seus sentimentos a Kahori.
A rotina da vida de Kenji é interrompida pela chegada de um misterioso aluno transferido. Ryouichi Kyougoku, que afirma ser médium, tem o carisma e a popularidade com que Kenji sempre sonhou. Em pouco tempo, Kahori começa a demonstrar sentimentos por Ryouichi, e Natsuki fica distante sempre que Kenji tenta falar sobre seus sentimentos.
Enquanto a vida de Kenji é desordenada, como a chegada de Ryouichi afetará as pessoas ao seu redor? Nerawareta Gakuen acompanha esses típicos estudantes do ensino médio que se envolvem com o sobrenatural.
[Escrito por MAL Rewrite]
