Medaka Kurokami é, no verdadeiro sentido da palavra, perfeita. Bonita, inteligente e atlética, o sonho de Medaka é fazer os outros felizes. Então, quando ela concorre à presidência do Conselho Estudantil da prestigiada Academia Hakoniwa, ganhar a eleição com 98% dos votos é algo esperado.
A primeira coisa que a nova e animada presidente faz é criar a “Caixa Medaka”, uma caixa de sugestões que permite aos alunos enviar qualquer tipo de pedido de ajuda. Junto com o cínico Zenkichi Hitoyoshi, seu amigo de infância que foi forçado a ajudá-la, Medaka atende a esses pedidos a uma velocidade absurda. Para cada trabalho concluído, ela adiciona flores à sala do conselho estudantil, com o objetivo de encher toda a escola. No entanto, os dois estão prestes a descobrir que ajudar os outros pode ser muito mais difícil do que pensam, à medida que começam a descobrir um plano devastador centrado na academia e até mesmo na própria Medaka!
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