Teikou Junior High School'a equipa de basquetebol de Teikou é coroada campeã três anos seguidos graças a cinco jogadores excepcionais que, com as suas habilidades únicas e de cortar a respiração, deixam os adversários em desespero e os adeptos em admiração. No entanto, depois de se formarem, estes companheiros de equipe, conhecidos como "The Generation of Miracles" seguem seus caminhos separados e agora se consideram rivais.
No Seirin High School, dois calouros recém recrutados provam que não são jogadores comuns de basquete: Taiga Kagami, uma promissora jogadora de regresso dos EUA, e Tetsuya Kuroko, uma estudante aparentemente vulgar cuja falta de presença lhe permite mover-se sem ser notada. Embora Kuroko não seja nem atlético nem capaz de marcar pontos, ele foi membro da equipe de basquete de Teikou's, onde jogou como o "Phantom Sixth Man," que facilmente passou a bola e ajudou seus companheiros de equipe.
Kuroko no Basket segue a jornada dos jogadores de Seirin's enquanto eles tentam se tornar a melhor equipa de liceu japonesa ao vencerem o Campeonato Interhigh. Para alcançar seu objetivo, eles têm que cruzar caminhos com várias equipes poderosas, algumas das quais têm um dos cinco jogadores com habilidades divinas, que Kuroko e Taiga fazem um pacto para derrotar.
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