No Universal Century 0088, o Anti-Earth Union Group (AEUG) saiu vitorioso na guerra contra os Titãs da Federação Terrestre, mas pagou um preço alto por isso. A Neo-Zeon, a terceira facção na guerra, antes conhecida como Axis Zeon, continua tão poderosa como sempre. Liderada pela Newtype Haman Karn, a Neo-Zeon tem implementado planos para dominar tanto a Terra quanto as colônias espaciais.
A nave capitânia da AEUG, Argama, dirige-se à colônia Side 1 Shangri-La para reparos. Vivendo na colônia está Judau Ashta, um sucateiro de 14 anos que luta para ganhar dinheiro suficiente para pagar os estudos de sua irmã mais nova. Após a descoberta de uma cápsula de fuga contendo um ex-piloto dos Titãs, Judau e seus amigos são rapidamente levados à Argama na esperança de roubar um traje móvel que possam vender por uma fortuna. No entanto, com a chegada de uma nave Neo-Zeon que busca derrotar a Argama, Judau e seus amigos são arrastados para um conflito que os levará pelo espaço e pela Terra.

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