Três anos depois que a conspiração do Projeto Babylon foi resolvida, os membros da unidade Patlabor de Kiichi Gotou seguiram caminhos diferentes. Gotou permanece com a equipe Patlabor, acompanhado por Shinobu Nagumo, sua paixão romântica e camarada.
Aproveitando o ceticismo do público em relação à Força de Autodefesa Terrestre Japonesa, uma organização terrorista começa a trabalhar dentro das forças armadas para causar destruição e agitação civil em massa em todo o Japão. Nagumo descobre que o mentor por trás da crescente conspiração terrorista é ninguém menos que Yukihito Tsuge, seu antigo mentor e amante.
Gotou reúne sua antiga equipe Patlabor, liderada pelo piloto Noa Izumi. Liderando a equipe em uma missão para prender Tsuge, Nagumo precisa lidar com seus complicados relacionamentos passados para salvar o Japão.
[Escrito por MAL Rewrite]
