Faz um ano desde o desaparecimento de Shiro, o Rei da Prata; Kurou Yatogami e Neko têm sido diligentes em suas buscas, mas sem fim. Sua investigação leva a um confronto com membros do agora dissolvido Clã Vermelho HOMRA—Rikio Kamamoto e Anna Kushina—sendo perseguidos pelo Clã Verde, que desejam os poderes de Anna's para seus próprios fins.
Agora, os membros do Ceptro 4 são chamados juntamente com Kurou e Neko a fim de resgatar Anna, a mascote, e único membro feminino do Clã Vermelho arruinado, das garras do inimigo's e esperançosamente encontrar Shiro usando os poderes da jovem's. Em meio à crise, o grupo é forçado a uma luta de poder quando o Clã Verde ameaça ultrapassar o domínio do Rei do Ouro…
O segundo passo da série K Project, K: Missing Kings, continua a história de um jovem rapaz apanhado numa guerra psíquica entre sete reis, e mostra as lutas de cada personagem's após as perdas de seus respectivos reis.
[Escrito por MAL Rewrite]