Inazuma Eleven Go: Chrono Stone se passa após o Holy Road Soccer Tournament. O herói do momento, Tenma Matsukaze, viajou por todo o Japão para ensinar futebol às crianças.
Ele retorna para a Raimon Junior High School após completar sua missão, mas para sua surpresa, não é mais a mesma Raimon Junior High de que ele se lembra. O clube de futebol é inexistente e os integrantes do time campeão do Torneio Holy Road Soccer não se lembram de ter participado do torneio. Eles não se lembram de Tenma nem do jogo de futebol que adoravam. Enquanto Tenma fica perplexo com essa reviravolta, Alpha, o líder dos Agentes de Rota e capitão da equipe do Protocolo Omega, aparece de repente diante dele. Alpha declara que ele e sua equipe são responsáveis por acabar com a paixão pelo futebol em Raimon junto com as memórias dos membros do clube de futebol: e o próprio Tenma é o próximo.
É quando um garoto estranho chamado Fei Rune aparece bem a tempo de salvá-lo. Quem é Fei e por que Alpha quer eliminar o futebol para sempre? Tenma sabe que precisa fazer tudo ao seu alcance para sair vitorioso. É uma batalha que pode selar para sempre o destino do futebol
