De volta ao caos escolar com Kaname Chidori e seu companheiro de classe, Sousuke Sagara, que enfrentam mais desventuras dentro e fora do Colégio Jindai. Mas quando Kaname fica com sérios problemas, Sousuke pega o disfarce de Bonta-kun. E enquanto luta para viver como adolescente normal, Sousuke também tem que lidar com a proteção de sua oficial superior Teletha Testarossa, que decidiu tirar férias da Mithril e passar algumas semanas como colega de classe de Kaname.
Observações: A série adapta o conteúdo das novels de 1 a 3, 5 e 6 de Full Metal Panic! Tanpenshuu. O Episódio 9 adapta o conteúdo de Full Metal Panic! Side Arms. Ambas são histórias paralelas da novel original.
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