Ocorre entre os eventos de Free! Eternal Summer e Free! Dive to the Future, Free! Take Your Marks apresenta o último verão dos veteranos graduados por meio de quatro histórias diferentes antes de partirem para o futuro.
Unmei no Choice! (Destined Choice!) acompanha Haruka Nanase e Makoto Tachibana em busca de um novo apartamento para Haruka enquanto ele se instala em Tóquio.
Hitou no Cooling Down! (Cooling Down at the Secret Hot Spring!) mostra Aiichiro Nitori escolhendo um presente de formatura para Rin Matsuoka e Sousuke Yamazaki, enquanto Momotaro Mikoshiba ganha ingressos para as fontes termais de Anago. Na esperança de fazerem uma viagem juntos, Aiichiro e Momotaro convidam Rin e Sousuke.
Kessoku no Batafurai! (United Butterfly!) mostra Rei Ryugazaki, Nagisa Hazuki e Gou Matsuoka criando um vídeo de recrutamento para atrair novos membros para o clube no próximo ano letivo.
Tabidachi no Etanaru Buru! (Departing Eternal Blue!) analisa os planos das equipes de natação de Iwatobi e Samezuka para a festa surpresa de despedida de Rin, que partirá para a Austrália em breve.
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