Haruka Nanase tem amor pela água e paixão pela natação. Na escola primária, ele competiu e venceu uma corrida de revezamento com seus três amigos Rin Matsuoka, Nagisa Hazuki e Makoto Tachibana. Depois de conquistarem a vitória no torneio, os quatro amigos seguiram caminhos diferentes. Anos mais tarde, eles se reencontram como estudantes do ensino médio; no entanto, Rin não está nem aí para voltar a ser como era antes. Além de frequentar uma escola diferente, a única coisa importante para ele é provar que é melhor nadador do que Haruka.
Após o amargo reencontro, Haruka, Nagisa e Makoto decidem formar o Clube de Natação da Iwatobi High School, mas precisarão de um quarto membro se quiserem participar do próximo torneio. Entra Rei Ryuugazaki, um ex-membro da equipe de atletismo que Nagisa recruta. À medida que a hora da competição se aproxima, as quatro desenvolvem um vínculo estreito enquanto treinam intensamente para chegar ao topo e resolver as coisas entre Haruka e Rin de uma vez por todas.
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