No meio da Quinta Guerra do Santo Graal, Caster coloca seus planos em movimento, começando com a captura de Shirou's Servant Saber. Com a bruxa crescendo cada vez mais poderosa, Rin e Archer determinam que ela é uma ameaça que deve ser enfrentada de imediato. Mas à medida que o equilíbrio de poder na guerra começa a mudar, o Mestre e a Serva se encontram caminhando caminhos separados.
Entretanto, apesar de perder o seu Servo e tropeçar nos ferimentos, Shirou ignora o aviso de Rin's para abandonar a batalha royale, forçando o seu caminho para a luta contra Caster. Determinado a mostrar a sua determinação na sua vontade de lutar, Shirou's põe à prova o seu potencial para se tornar um protector do povo.
Em meio ao derramamento de sangue e ao caos, as motivações de cada Mestre e Servo são lentamente reveladas à medida que sacrificam tudo para surgir como o vencedor e reivindicar o Santo Graal.
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