A Guerra do Santo Graal é uma batalha royale entre sete magos que servem como Mestres. Os Mestres, através do uso dos selos de comando que lhes são dados quando entram na guerra, comandam os Espíritos Heróicos conhecidos como Servos para lutar por eles em batalha. Na Quinta Guerra do Santo Graal, Rin Toosaka está entre os magos que entram na competição. Com seu Servo, Archer, ela espera obter o derradeiro prêmio— o Santo Graal, um artefato mágico capaz de conceder ao seu empunhador qualquer desejo.
Uma das colegas de classe de Rin's, Emiya Shirou, entra acidentalmente na competição e acaba comandando uma Serva própria, conhecida como Saber. Enquanto eles se encontram enfrentando inimigos mútuos, Rin e Shirou decidem formar uma aliança temporária enquanto desafiam seus oponentes na Guerra do Santo Graal.
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