A Quinta Guerra do Santo Graal na cidade de Fuyuki atingiu um ponto de virada em que as vidas de todos os participantes são ameaçadas quando o inimigo oculto finalmente se revela. À medida que Shirou Emiya, Rin Toosaka e Illyasviel von Einzbern descobrem a verdadeira natureza corrupta da sombra que está assolando a cidade, eles percebem o quão terrível é a situação. Para proteger seus entes queridos, o grupo deve se defender contra a força inimiga aparentemente intransponível – mesmo que alguns desses inimigos já tenham sido seus aliados, ou talvez, algo mais íntimo.
À medida que o ato final desta guerra caótica começa, os ideais que Shirou acredita que logo serão desafiados por um dilema excruciante: é realmente possível salvar um mundo onde tudo parece ter dado errado?
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