Catorze anos após o Terceiro Impacto, a Terra é um terreno baldio pós-apocalíptico, a civilização humana está em ruínas e as pessoas que Shinji sabe que são quase irreconhecíveis. Preso dentro da Unidade Evangelion-01, ele é recuperado do espaço por Asuka e Mari, apenas para encontrar um prisioneiro da Wille, uma facção militar liderada por sua ex-guardiã Misato Katsuragi. Frio e amargo, seus antigos aliados o vêem com desconfiança e se recusam a apoiá-lo quando ele chega a um acordo com as conseqüências de suas ações.
Um Shinji ferido e confuso é resgatado da Wille pela Rei e retornado ao quartel general da Nerv. Lá, ele se encontra e se torna rapidamente amigo do enigmático Kaworu Nagisa, que lhe oferece calor e visão do estado da guerra da Nerv's com os Anjos. Mas o breve descanso de Shinji e Kaworu's está na véspera de uma nova batalha, na qual Shinji descobre que seus inimigos não são mais Anjos, mas antigos camaradas. Neste confronto amargo para determinar o futuro do mundo, Shinji aprenderá em primeira mão que o passado realmente não pode ser desfeito.
[Escrito por MAL Rewrite]
