O portal para o Mundo Digital está fechado há três anos. Taichi Yagami e seus amigos mudaram-se desde então, e agora que ele está no segundo ano do ensino médio, é hora de ele crescer. Enquanto todos sabem o que querem fazer com as suas vidas, Taichi continua insegura. Enquanto isso, o grupo se afasta ainda mais à medida que seguem seus próprios caminhos.
Um dia, um insetoide malfeitor Digimon, chamado Kuwagamon, materializa-se e perturba a electrónica por toda a cidade. O Taichi persegue o grupo e acaba encurralado pelo Digimon que o ataca. De repente, o Digivice que ele ainda carrega—um dispositivo digital que serve vários propósitos incluindo ajudar um's Digimon parceiro para evoluir—brilha, e Agumon aparece. Os dois são capazes de derrotar o Kuwagamon, mas porque é que o Digimon atravessou para este mundo em primeiro lugar? O que está a acontecer no Mundo Digital, e como é que isto envolve exactamente Meiko Mochizuki, o novo aluno transferido da turma de Taichi's?
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