Num futuro próximo, a realidade aumentada tornou-se uma parte fundamental da vida quotidiana. Uma rapariga gentil da escola média chamada Yuuko "Yasako" Okonogi e a sua família acabam de se mudar para a cidade de Daikoku, apesar dos rumores de pessoas desaparecidas. Lá, a sua avó, apelidada "Mega-baa," gere uma loja chamada Megasia que é especializada em ferramentas ilegais que interagem com partes do mundo virtual.
Mega-baa também hospeda uma agência de detectives não oficial chamada "Coil," um grupo de crianças da idade de Yasako'que encontram e lidam com a corrupção do mundo virtual. Yasako envolve-se com o grupo quando Fumie Hashimoto, um membro lúdico da Coil, ajuda a resgatar o seu cyberdog Densuke depois de ficar presa no espaço virtual enquanto perseguia um vírus misterioso. Também a investigar estas corrupções e vírus é um hacker abrasivo chamado Yuuko Amasawa, que os outros levam a chamar Isako.
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