Desde o falecimento do homem que se acredita ser o imperador mais perverso da Grã-Bretanha's há um ano, o mundo desfruta de uma paz sem precedentes sob a orientação da Federação das Nações Unidas. Entretanto, esta frágil calma é abalada quando militantes armados seqüestram com sucesso a antiga princesa Nunnally vi Britannia e Suzaku Kururugi, a principal conselheira dos Cavaleiros Negros, provocando uma crise internacional.
O poderoso e pouco confiável Reino de Zilkhstan é acusado de orquestrar sua captura. Para investigar, as autoridades mundiais enviam Kallen Stadtfeld e seus associados em uma operação secreta para o país. Lá, eles encontram a imortal bruxa C.C., que está numa missão para completar a ressurreição do homem responsável pela maior revolução da história— uma lenda que se levantará, assumirá o comando e salvará o mundo do perigo mais uma vez.
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