Gennosuke de Kouga e Oboro de Iga, de clãs rivais, apaixonaram-se durante uma trégua oficializada por Hattori Hanzo, e prometeram trazer a paz definitiva ao seu povo. Mas o Xogum Tokugawa, que estava prestes a morrer, resolveu deixar nas mãos dessas duas famílias uma grande tarefa, propondo a eles um combate mortal, onde o vencedor decidiria o novo Xogum. Se Kouga vencesse, Kunichiyo Tokugawa seria o novo Xogum, mas se Iga fosse o vencedor, Takechiyo Tokugawa é quem herdaria o Xogunato. Com essa premissa terrível começa o anime. Dez ninjas de cada família foram escolhidos e, entre eles, estavam os sucessores dos Clãs Kouga e Iga: Gennosuke e Oboro.
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