Ninja… Os ninjas eram… semi-deuses impiedosos, governando o Japão com seu karatê na era da tranquilidade ninja. Mas, " alguns" cometeram uma forma proibida de hara-kiri armazenando suas almas no Templo Kinkaku para futura ressurreição. Sua história perdida foi falsificada e ocultada e a verdade sobre esses ninjas foi há muito esquecida.
Agora, no futuro, onde a universalização da tecnologia cibernética e das redes eletrônicas são Deus, de repente, sinistras almas ninjas, ressuscitadas de milhares de anos passados são libertadas nas sombras escuras do Neo-Saitama. Fujikido Kenji, é um salarimano cuja esposa e filho foram mortos em uma guerra de relva ninja. Num pincel com sua própria morte, Fujikido é possuído por uma alma ninja enigmática. Fujikido engana a morte e se torna um Caçador de Ninjas. Um Ceifador destinado a matar ninjas malvados, comprometido com uma guerra pessoal de vingança.
Situado no submundo distópico do Neo-Saitama, o Caçador Ninja enfrenta os ninjas do Sindicato Soukai em combate mortal.
(Fonte: Animanga wikia)