Numa véspera de Natal, Hana, Gin e Miyuki estão vasculhando montes de lixo em busca de presentes quando encontram um bebê abandonado na fria noite de inverno. Chocada com a cena lamentável, o instinto maternal de Hana é despertado e ela insiste em encontrar a mãe biológica do bebê para exigir uma explicação. Batizando a criança de Kiyoko — que significa “criança pura” —, elas começam sua busca usando as possíveis pistas deixadas ao lado dela: uma chave misteriosa e um único bilhete. No entanto, seus planos logo são jogados por água abaixo quando elas se envolvem em uma série de eventos sem precedentes.
Tokyo Godfathers acompanha a jornada do trio enquanto eles permanecem juntos nos momentos bons e ruins, na esperança de entregar Kiyoko ao seu verdadeiro lar e encontrar seu próprio milagre de Natal.
[Escrito por MAL Rewrite]
