Quando Gintoki apreende um pirata de cinema numa estreia, ele verifica as filmagens da câmera's e se vê transportado para uma versão sombria e pós-apocalíptica de Edo, onde uma misteriosa epidemia chamada "White Plague" arrebatou a população mundial's. Acontece que o filme pirata era'afinal não era um pirata—era uma máquina do tempo andróide, e Gintoki foi atirado cinco anos para o futuro! Shinpachi e Kagura, seus coortes Yorozuya, tiveram uma queda e agora são vigilantes a solo e ele próprio está desaparecido há anos, desaparecendo sem deixar rastro após rabiscar uma estranha mensagem em seu diário.
Partindo do disfarce que lhe foi dado pela máquina do tempo andróide, Gintoki reúne casualmente a equipa Yorozuya para investigar a Peste Branca, e logo descobre que a chave para salvar o futuro está na escuridão do seu próprio passado. Determinado a enfrentar um inimigo poderoso, ele faz uma importante descoberta—com um bando de amigos e aliados ao seu lado, ele não'não tem que lutar sozinho.
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