Muitos anos atrás, após o fim de uma sangrenta guerra mundial, a humanidade se abrigou em seis cidades-estado que eram pacíficas e perfeitas… pelo menos na superfície. No entanto, Shion, um morador de elite da cidade-estado nº 6, adquiriu uma nova perspectiva sobre o mundo em que vive, graças a um encontro casual com um garoto misterioso, Nezumi. Nezumi acabou sendo apenas um dos muitos que viviam no deserto desolado além dos muros da suposta utopia. Mas, apesar de saber que o outro garoto era um fugitivo, Shion decidiu acolhê-lo durante a noite e protegê-lo, o que resultou em consequências drásticas: por causa de suas ações, Shion e sua mãe perderam o status de elites e foram transferidos para outro lugar, e o lado mais sombrio da cidade começou a se tornar conhecido.
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