Apesar de o desejo de Sayaka Miki ter sido realizado, as consequências imprevistas que daí advieram dominam-na, fazendo com que a sua alma-gema fique manchada e ela sucumbe ao desespero, acabando por perder a sua humanidade. Homura Akemi revela a Kyouko Sakura e Madoka Kaname o destino final das raparigas mágicas: quando a sua alma-gema fica contaminada, transforma-se numa Semente de Luto e elas renascem como bruxas – uma verdade que Homura só aprendeu ao repetir a história inúmeras vezes numa tentativa de evitar a tragédia de Madoka.
Kyuubey só aumenta o desespero delas quando confessa as suas verdadeiras intenções: aproveitar a energia criada pelas raparigas mágicas e usá-la para prolongar a vida do universo. Enquanto a ameaça de Walpurgisnacht, uma poderosa bruxa, paira no ar, Homura jura mais uma vez proteger Madoka e o mundo de um destino sombrio.
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