Na cidade de Fuyuki, a Quinta Guerra do Santo Graal está prestes a começar uma longa batalha de sangue, morte e miséria. A estudante do ensino médio Rin Toosaka treinou toda a sua vida para este momento – para se tornar uma maga capaz de ser uma Mestre na guerra. Convocando seu servo conhecido como Archer, Rin finalmente entra na batalha.
Descobrindo que uma de suas conhecidas, Shirou Emiya, também é atraída para a guerra, Rin se oferece para formar uma aliança por enquanto. E à medida que os dois se aproximam, Rin começa a aprender mais sobre o destino e os ideais de Shirou. No entanto, seu objetivo permanece o mesmo: ganhar a relíquia todo-poderosa que pode satisfazer os desejos daqueles que são vitoriosos após a guerra – o Santo Graal.
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