Tenma Matsukaze é um novo aluno na Raimon Junior High. Devido ao seu amor pelo futebol, ele decide se juntar ao time de futebol da escola, que ganhou sua reputação após o desempenho incrível mostrado dez anos antes no Football Frontier International, um torneio que hospeda os melhores times juvenis que o mundo tem a oferecer. Infelizmente, a outrora renomada escola não tem o espírito futebolístico que antes desfrutava.
Isso se deve principalmente ao fato de que o futebol no Japão agora é controlado por uma entidade obscura conhecida como “Quinto Setor”. Eles decidem sozinhos o destino de cada partida, instruindo os times a vencer ou perder. As ações do Quinto Setor derrotaram os times de futebol do país, que não têm mais amor pelo jogo.
Tenma e seus companheiros de equipe tentarão mudar esse paradigma e lutar contra seus opressores malignos. Felizmente, eles não estarão sozinhos nesta batalha, pois receberão ajuda de um grupo conhecido como “Resistência”. Torça pelos garotos do Inazuma Eleven Go enquanto eles lutam a boa luta!