Makoto Naegi, um adolescente sem talento notável, fica surpreso ao saber que foi aceito na Hope’s Peak Private Academy: uma escola de elite que reúne os melhores alunos de várias áreas. Apesar de acreditar que sua admissão foi apenas um acaso, Naegi está encantado por frequentar uma instituição conhecida por garantir sucesso a quem se forma. Determinado, ele entra pelas portas da prestigiada academia.
No entanto, depois de perder a consciência por dentro, Naegi acorda em uma sala de aula aparentemente abandonada. Sem conseguir entender como chegou lá, Naegi começa a explorar e, para sua surpresa, encontra seus colegas reunidos na academia. Enquanto todos tentam descobrir o que aconteceu, eles são confrontados pelo diretor da escola – Monokuma, um urso de pelúcia robótico. O brinquedo misterioso explica que os calouros estão presos dentro da escola com apenas um meio de fuga: matar um colega sem serem descobertos.
A tensão enche o ar quando Naegi e seus colegas percebem que estão diante de duas escolhas: participar do jogo de matar de Monokuma ou residir juntos na escola pelo resto de suas vidas.
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