No mundo de Prester, o voo é o meio de transporte dominante, possibilitado pelo Claudia Fluid: uma forma liquidificada dos cristais produzidos no planeta. Uma organização conhecida apenas como “a Guilda” tem autoridade absoluta sobre os céus, com o monopólio dos motores que utilizam esse fluido. Além disso, como os desastres ecológicos desestabilizam os países em guerra de Anatoray e Disith, a Guilda também arbitra as disputas entre os dois. No meio do conflito estão os Sky Couriers, que pilotam pequenas vans para duas pessoas que voam livremente pelo céu.
Last Exile acompanha as aventuras de dois adolescentes que sonham em superar seus pais: Claus Valca, filho de um famoso piloto de vanship, e Lavie Head, melhor amigo e navegador de Claus. Seu trabalho como mensageiros envolve a passagem por uma corrente de ar chamada Grand Stream, que separa as nações hostis, à qual até mesmo os dirigíveis padrão têm dificuldade de sobreviver. No entanto, quando eles assumem uma entrega de alto nível para levar uma menina órfã chamada Alvis Hamilton ao navio de guerra Silvana, eles são arrastados para um conflito muito maior que os coloca contra o poder da Guilda.
[Escrito por MAL Rewrite]